管轶等人最新证据:走私的穿山甲携带冠状病毒,与2019-nCoV高度相似

发布: | 发布时间:2020-02-20,星期四 | 阅读:52
十三 郭一璞 乾明 发自 凹非寺

穿山甲是中间宿主?新证据来了。

香港大学管轶团队与广西医科大学胡艳玲团队最新研究发现:在走私穿山甲的多个样品中,都发现了和这次致命的2019-nCoV病毒非常相似的冠状病毒。

一周前,华南农业大学也有一样的研究结论,现在,可以说有了更进一步的证据补充。

也客观说明了“病毒人造”阴谋论的不靠谱。

值得注意的是,这次穿山甲样品组织,也有来自海关缴获并留存的穿山甲“药材”。

凭什么指认穿山甲?

这篇新论文,目前在预印本平台medRxiv发表,未经同行评审,论文核心结论如下:

在多个走私穿山甲中发现冠状病毒,在冠状病毒受体结合域(RBD),与新冠病毒相似度达97%。相比蝙蝠身上的冠状病毒,穿山甲身上的冠状病毒与使人类患病的新冠病毒更为接近。

该结论来自于研究人员对三批穿山甲样本的分析与研究。

研究样本来源

第一批样本是广西海关在2017年8月至2018年1月期间的反走私行动中获得,总共有包括肺、肠和血液等多种器官的43个冰冻组织,来自18只穿山甲。

针对它们进行RNA高通量测序显示,有6个存在冠状病毒:2个在肺,2个在肠,1个是肺-肠混合物中,1个是血液中。

如下图所示,使用肠-肺混合样本,能够使用Vero-E6细胞系分离出一种新的乙型冠状病毒属 (Betacoronavirus)。

Vero E6在病毒分离中细胞病变作用的显微图像。(A) Vero E6细胞系阴性对照。(B)病毒培养的细胞病变效应(接种后5天)。

测序之后,研究人员获得了6个完整基因组序列GX/P1E、GX/P2V、GX/P3B、GX/P4L、GX/P5E、GX/P5L,它们均属于2019-nCoV谱系。而且,这些从冷冻穿山甲样本上找到的冠状病毒和2019-nCoV病毒有类似的基因组结构。

有基因组序列之后,研究人员设计了用于qPCR检测(核酸检测的核心方法)的引物,可以检测一个样本中是否含有这批冷冻穿山甲的同款冠状病毒。

△用于穿山甲相关冠状病毒qPCR检测的引物

第二批样本是在2018年5月至7月期间收集,是12只穿山甲的19个样本(9个肠组织,10个肺组织),经过qPCR检测后,他们发现3个肺组织样本呈阳性。

也就是说,第二批穿山甲,和第一批穿山甲的冠状病毒是一样的。

第三批样本是在新冠病毒爆发后,广东重新检查了在2019年3月的反走私行动中获得的5个归档穿山甲样本,包含2个皮肤拭子,1个不明组织,1个鳞片。

通过高通量测序,可以发现鳞片样本中含有冠状病毒的读数,从这些数据中能够组装一个21505 bp的部分基因组序列,约占新冠病毒基因组的72% 。

值得注意的是,2019年在广东进行的另一项关于患病穿山甲的研究,也在肺部样本中发现了与新冠病毒相似的病毒群。

研究方法与结论

基于这些发现,研究团队采用不同的组装方法和人工处理,生成了占全长病毒基因组86.3% 的部分基因组序列。

分析后发现,这些新型穿山甲冠状病毒基因组与新冠病毒的相似性约为85.5%至92.4% ,代表了系统发生树中新冠病毒的两个亚系,其中一个与新冠病毒有极其密切的关系。

更值得注意的是,穿山甲冠状病毒、蝙蝠冠状病毒和人类冠状病毒之间假定的重组信号。

特别是在冠状病毒受体结合域,新型冠状病毒与广东穿山甲冠状病毒具有很高的序列相似性(达到97.4% 氨基酸相似性),尽管它在病毒基因组的其余部分与蝙蝠冠状病毒最密切相关。

在冠状病毒受体区域中,蝙蝠冠状病毒和人类新冠病毒只有89.2% 的氨基酸相似性。

事实上,广东穿山甲冠状病毒和新冠病毒在病毒受体区域的5个关键残基(上图红框)上拥有相同的氨基酸,而蝙蝠冠状病毒只与新冠病毒共享一个氨基酸。

也就是说,广东穿山甲身上的冠状病毒,和让人类患病的新冠病毒是很近的“亲戚”。

有趣的是,冠状病毒受体区域中单独对同义位点的系统发育分析显示,广东收集的穿山甲系统发育位置与病毒基因组的其余部分一致。

因此,尽管目前的数据很难给出确切结论,但研究人员推测,可能广东穿山甲冠状病毒受体区域 和新冠病毒之间的氨基酸相似性,这两种病毒之间可能是进化先后的关系,而不是基因重组。

此外,虽然关于趋同演化的驱动因素暂未可知,但这也进一步突出中间动物宿主在人类病毒出现中所起的作用。

穿山甲:蝙蝠外唯一被感染的哺乳动物

到目前为止,穿山甲是除蝙蝠以外唯一被新冠病毒感染的哺乳动物。

引人注目的是,在穿山甲中发现了2个相关的冠状病毒谱系,而且这2个冠状病毒谱系都与新冠病毒有关。

这表明这些动物可能是这些新冠病毒的长期宿主。

但不能排除另一种可能性——穿山甲是独立于蝙蝠或其他动物宿主,获得其新冠相关病毒的。

同样值得注意的是,这两种穿山甲的血统,都来源于贩卖的马来亚穿山甲,这种穿山甲大概率来自东南亚,而且在穿山甲本土生长的地区,人们对穿山甲所维持的病毒多样性知之甚少。

毫无疑问,穿山甲种群中病毒传播的程度需要进一步调查,但是在广西和广东省反复发生的与新冠病毒有关的冠状病毒感染表明,这种动物可能是冠状病毒出现的潜在重要宿主。

研究团队最后也强调,冠状病毒,包括与新冠病毒有关的病毒,在亚洲的许多野生哺乳动物中都明显存在。

虽然对穿山甲的流行病学、致病性、种间传染性和传播性仍有待研究,但这里提供的数据有力地表明,处理这些动物需要相当谨慎,且需要严格禁止在市场出售。

这项研究也进一步为新冠病毒宿主研究指出了方向,可以对中国和东南亚自然环境中的穿山甲进一步监测,了解穿山甲在新冠病毒出现和未来人畜共患传播风险中的作用。

来自香港大学和广西医科大

最后,再介绍下本项研究的带队科学家。

管轶

首先是香港大学方面。牵头人:管轶,医学微生物学专家,英国皇家医学院外籍院士,香港大学于崇光基金教授席(病毒学)、新发病毒性疾病学讲座教授,香港大学新发传染性疾病国家重点实验室主任、香港大学流感研究中心主任,汕头大学·香港大学联合病毒学研究所所长、粤港新发传染病联合实验室主任。

长期从事流感和其他新发呼吸道病毒的生态、演化和发病机制研究,是最早分离出SARS病毒并最先提出果子狸是SARS冠状病毒宿主的科学家之一。

新冠病毒疫情发生后,1月21日,管轶亲赴一线进行找寻动物源头等工作,但后来声称“华南海鲜市场已经被封掉、洗地,现场没了。”

管轶也在1月23日准确预测了此次疫情的严重程度。

胡艳玲

另一位研究组牵头人:胡艳玲,广西医科大学生命科学研究院基因组实验室主任,博士生导师。2009年毕业于上海交通大学。2014年1月至2015年4月在美国威斯康辛大学密尔沃基分校进行访问学习。

主要研究方向是生物统计学、统计基因组模型构建、统计基因组学、生物信息学与数据挖掘、肿瘤分子生物学等等。近年来在发表相关论文60余篇,其中SCI论文50篇。

论文地址:
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.13.945485v1.full.pdf

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来源:量子位


 

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